Sau khi SNA triệt thoái, WSLF tiếp tục nổi loạn. Đến tháng 5 năm 1980, phiến quân với trợ giúp của một số lượng nhỏ binh sĩ SNA kiểm soát một khu vực đáng kể tại Ogaden. Tuy nhiên, đến năm 1981 cuộc nổi loạn suy yếu chỉ còn là các cuộc tấn công chớp nhoáng và cuối cùng bị thất bại.

Đối với chế độ Barre, cuộc xâm chiếm có lẽ là sai lầm chiến lược lớn nhất từ khi độc lập,[39] và làm suy yếu quân đội. Khoảng một phần ba binh sĩ biên chế của SNA, ba phần tám đơn vị thiết giáp và một nửa không quân Somalia bị mất. Chính quyền Barre suy yếu dẫn đến từ bỏ thực tế giấc mơ một Đại Somalia thống nhất. Thất bại trong chiến tranh làm trầm trọng thêm bất mãn với chế độ Barre; nhóm đối lập có tổ chức đầu tiên là Mặt trận Dân chủ Cứu tế Somali (SSDF) được các sĩ quan quân đội thành lập vào năm 1979.

Hoa Kỳ nhận Somalia làm một đồng minh Chiến tranh Lạnh từ cuối thập niên 1970 đến năm 1988 nhằm đổi lấy việc sử dụng các căn cứ tại Somalia, và một cách thức gây ảnh hưởng lên khu vực. Một xung đột vũ trang thứ nhì xảy ra vào năm 1988 được giải quyết khi hai quốc gia chấp thuận triệt thoái binh sĩ khỏi biên giới.

Hai bên đều phạm các tội ác chiến tranh nghiêm trọng chống lại thường dân.[39]